En general, no es recomana netejar els elements de filtre d'alta eficiència, sinó substituir-los directament.
Els filtres d'alta eficiència, tant si s'utilitzen en purificadors d'aire com en bufadors d'aire fresc, generalment no es recomanen per a la neteja a causa de la seva alta eficiència de filtració. Això es deu al fet que el disseny i el material de l'element de filtre d'alta eficiència reduirà significativament la seva eficiència de filtració un cop saturada la pols, i fins i tot pot afectar l'eficiència de pas de l'aire fresc a causa de l'obstrucció. A més, els intents de netejar el filtre d'alta eficiència poden provocar que les partícules s'obstruïn a l'interior del filtre, agreujant la seva degradació de rendiment. Per tant, per als elements de filtre d'alta eficiència, és més recomanable substituir directament el nou element de filtre per garantir el funcionament normal i l'efecte de filtració de l'equip.
Encara que alguns elements de filtre d'eficiència mitjana i primària es poden netejar segons els requisits del fabricant, això no s'aplica als elements de filtre d'alta eficiència. Per tant, en el manteniment d'aquests equips, s'ha de prestar especial atenció a la distinció dels diferents tipus d'elements filtrants i seguint les recomanacions del fabricant per garantir el rendiment i la vida útil de l'equip.